1、以下这些语句存在若干问题，包括语法错误、标点使用不当、语句不通畅及信息不完整——“.....使用方法通过种可行的方式输入目标序列，然后指定需要计算的特征，点击“开始计算”按钮，计算结果显示于相应的结果框中。点击“保存结果”按钮可以保存结果于三个文件中，见图。图序列的特征提取软件万方数据杭州电子科技大学硕士学位论文输入目标序列序列的输入方法可以通过三种方式输入目标序列直接在序列框中输入格式化的序列通过点击“使用文件”按钮输入个或多个包含序列的文件，可使用按钮“查看详情”查看当前已经添加的序列文件组合前两种方式输入序列数据。目标序列的格式每个目标序列的格式类似格式，分为两行第行为以开始的头部信息，第二行为碱基序列本身......”。

2、以下这些语句存在多处问题，具体涉及到语法误用、标点符号运用不当、句子表达不流畅以及信息表述不全面——“.....特征的格式无论是从文件提供还是通过程序交互界面提供的特征，行只能包含个特万方数据杭州电子科技大学硕士学位论文征，同行中所包含的空格或者其他符号将被视为特征的部分，以换行符隔开两个不同的特征。用户提供的类的特征不区分大小写，其他类别的特征须和内置的相应的特征大小写完全致，否则将被默认为类特征进行计算。个关于特征的例子如下浏览和保存结果计算结果将显示于两个结果框中第个框中显示带序号的特征名，第二个框中按照序列的次序显示对应序号下的特征的数值。使用按钮“保存结果”可以把结果保存到三个文件中序列名文件，其每行是序列名特征文件，包含两行......”。

3、以下这些语句在语言表达上出现了多方面的问题，包括语法错误、标点符号使用不规范、句子结构不够流畅，以及内容阐述不够详尽和全面——“.....具体的序列特征有很多类型，而元组模式是其中个重要且常见的类别,。对甲基化状态预测就需要计算序列中元组模式出现的次数。例如，文献通过计算人类淋巴细胞号染色体的甲基化数据特征，发现序列模式是指示岛甲基化状态的三类特征之文献利用乳腺癌高甲基化基因的上游岛的模式特征数据，分析得出序列特征可以作为标识来识别癌症高甲基化基因。然而如何高效率的量化序列中元组模式特征已经成为生物信息学研究中的个基本问题。在对序列进行元组模式特征的计算中，序列的数目通常比较庞大，单个序列的长度也比较长，同时需要量化的元组模式数量较多组合多变......”。

4、以下这些语句该文档存在较明显的语言表达瑕疵，包括语法错误、标点符号使用不规范，句子结构不够顺畅，以及信息传达不充分，需要综合性的修订与完善——“.....该算法在常规顺序扫描匹配模式算法的基础上，预先构造模式本身的“失配推进表”，当在次匹配的过程中，出现字符匹配不相等的情况时，算法在已经得到的部分匹配的计算结果基础上，尽最大可能滑动模式字符串，而并不需要往回移动字符遍历指针，实际上就是查询“失配推进表”得到在模式当前位置失配的情况下模式可以向右“滑动”的最远的段距离，继续进行比较，此算法可以在序列长度为，元组模式长度为时，以的时间复杂度进行模式串和待匹配串的匹配计算操作。在计算机科学中，另个久负盛名的模式匹配算法是算法，它是个对字符串进行匹配搜索的效率极为优秀的算法......”。

5、以下这些语句存在多种问题，包括语法错误、不规范的标点符号使用、句子结构不够清晰流畅，以及信息传达不够完整详尽——“.....其中染色体按格式提供，为序列所在的染色体编号起始结束位置表示的是使用匹配此序列给出的位置。或者头部信息只包含“序列名”，此时头部信息没有提供目标序列在基因组中的位置信息，软件将通过内置的预处模块调用附带的程序把序列匹配到人类基因组，从匹配结果中提取相应的位置信息。个包含两个序列的例子如下输入计算特征特征的输入方法可以通过三种方式输入需要计算的特征直接在特征框中输入格式化的特征和勾选系统提供的特征通过点击“使用文件”按钮输入个或多个包特征的文件......”。

6、以下这些语句存在多方面的问题亟需改进，具体而言：标点符号运用不当，句子结构条理性不足导致流畅度欠佳，存在语法误用情况，且在内容表述上缺乏完整性。——“.....即为相应特征的量化数值。对类特征，在每个目标序列中从头开始到末尾直接统计特征万方数据杭州电子科技大学硕士学位论文出现的次数。除,州电子科技大学硕士学位论文万方数据杭,万方数据杭州电子科技大学硕士学位论文的累加和，即为相应特征的量化数值。对类特征，在每个目标序列中从头开始到末尾直接统计特征万方数据杭州电子科技大学硕士学位论文出现的次数。除两个特征之外，其他的特征均按序列的长度进行校正。计算算法由于可能需要计算多个目标序列的多个类型的特征......”。

7、以下这些语句存在标点错误、句法不清、语法失误和内容缺失等问题，需改进——“.....矩阵格式，第行为序号，其余各行为序列的量化数值。清空结果和复位程序按钮“清空结果”用于清空本次计算结果，已载入的序列和特征不变。按钮“复位程序”用于复位程序到初始状态，所有载入的数据和计算结果被清除当载入序列或特征文件出现错误时可用此按钮。退出程序和软件获取使用右上角的关闭按钮或“退出程序”退出程序。本章小结本章集成文献中的重要特征，设计并实现了序列的特征提取软件工具。该软件可以方便地批量计算目标序列的相关特征，为基于特征的挖掘，如分类预测，提供便利......”。

8、以下文段存在较多缺陷，具体而言：语法误用情况较多，标点符号使用不规范，影响文本断句理解；句子结构与表达缺乏流畅性，阅读体验受影响——“.....元组模式则是定长度的组成的片段，中不仅包含个碱基字符，还包含些通配符，如表示，本文设计的算法不考虑其中的字符。将片段长度为个碱基字符的元组模式称为元组，例如元组模式长度为个字符，称之为元组。序列的万方数据杭州电子科技大学硕士学位论文元组模式特征的量化，就是计算元组模式在序列中不重叠出现的全部次数，例如序列，元组模式在其中共出现了次，则序列的元组模式的特征量化后即为。实际计算过程中，要同时计算的序列是由数量达到成千上万的序列组成的序列集，元组模式特征则是由数量几百的元组模式序列组成的模式集......”。

9、以下这些语句存在多方面瑕疵，具体表现在：语法结构错误频现，标点符号运用失当，句子表达欠流畅，以及信息阐述不够周全，影响了整体的可读性和准确性——“.....本文分析了上述序列特征计算中存在的问题，针对其特殊性，提出了基于“空间换时间”思想的序列模式计算的算法。算法设计了以元组模式为键元组模式在序列中出现次数为值的数据结构，利用数据结构来存储中间结果，使得扫描序列次即可同时计算所有元组模式在该序列中出现的次数。同时，设计了个直观的单序列顺序遍历算法。作为对比参照，实现了常规的模式匹配的算法，并在不同规模的真实数据上测试算法的性能。实验结果和分析表明，本文提出的算法在不同数据规模下都有着最好的性能......”。