1、以下这些语句存在若干问题，包括语法错误、标点使用不当、语句不通畅及信息不完整——“.....具体的序列特征有很多类型，而元组模式是其中个重要且常见的类别，。对甲基化状态预测就需要计算序列中元组模式出现的次数。例如，文献通过计算人类淋巴细胞号染色体的甲基化数据特征，发现序列模式是指示岛甲基化状态的三类特征之文献利用乳腺癌高甲基化基因的上游岛的模式特征数据，分析得出序列特征可以作为标识来识别癌症高甲基化基因。然而如何高效率的量化序列中元组模式特征已经成为生物信息学研究中的个基本问题。在对序列进行元组模式特征的计算中，序列的数目通常比较庞大，单个序列的长度也比较长，同时需要量化的元组模式数量较多组合多变，这使得些经典的模式匹配算法在序列特征计算中时间效率不理想。本文分析了上述序列特征计算中存在的问题，针对其特殊性，提出了基于“空间换时间”思想的序列模式计算的算法。算法设计了以元组模式为键元组模式在序列中出现次数为值的数据结构......”。

2、以下这些语句存在多处问题，具体涉及到语法误用、标点符号运用不当、句子表达不流畅以及信息表述不全面——“.....使得扫描序列次即可同时计算所有元组模式在该序列中出现的次数。同时，设计了个直观的单序列顺序遍历算法。作为对比参照，实现了常规的模式匹配的算法，并在不同规模的真实数据上测试算法的性能。实验结果和分析表明，本文提出的算法在不同数据规模下都有着最好的性能。问题的描述和相关算法问题的描述序列形式上是由腺嘌吟碱基胸腺嘧啶碱基胞嘧啶碱基鸟嘌吟碱基个碱基字符随意组合而成的定长度的字符串。元组模式则是定长度的组成的片段，中不仅包含个碱基字符，还包含些通配符，如表示，本文设计的算法不考虑其中的字符。将片段长度为个碱基字符的元组模式称为元组，例如元组模式长度为个字符，称之为元组。序列的万方数据杭州电子科技大学硕士学位论文元组模式特征的量化，就是计算元组模式在序列中不重叠出现的全部次数，例如序列，元组模式在其中共出现了次，则序列的元组模式的特征量化后即为。实际计算过程中......”。

3、以下这些语句在语言表达上出现了多方面的问题，包括语法错误、标点符号使用不规范、句子结构不够流畅，以及内容阐述不够详尽和全面——“.....个关于特征的例子如下浏览和保存结果计算结果将显示于两个结果框中第个框中显示带序号的特征名，第二个框中按照序列的次序显示对应序号下的特征的数值。使用按钮“保存结果”可以把结果保存到三个文件中序列名文件，其每行是序列名特征文件，包含两行，第行序号第二行是特征名数据矩阵文件，矩阵格式，第行为序号，其余各行为序列的量化数值。清空结果和复位程序按钮“清空结果”用于清空本次计算结果，已载入的序列和特征不变。按钮“复位程序”用于复位程序到初始状态，所有载入的数据和计算结果被清除当载入序列或特征文件出现错误时可用此按钮。退出程序和软件获取使用右上角的关闭按钮或“退出程序”退出程序。本章小结本章集成文献中的重要特征，设计并实现了序列的特征提取软件工具。该软件可以方便地批量计算目标序列的相关特征，为基于特征的挖掘，如分类预测，提供便利......”。

4、以下这些语句该文档存在较明显的语言表达瑕疵，包括语法错误、标点符号使用不规范，句子结构不够顺畅，以及信息传达不充分，需要综合性的修订与完善——“.....导致特征量化的具体过程计算繁琐。同时，由于序列模式特征计算的特殊性，常规的模式匹配算法的应用并不理想。另外，在对甲基化的研究中，各方法所使用的特征存在差异，甲基化的重要特征并不明确。最后，表观遗传特征间是如何相互作用来调控基因表达的原理还并不明确。本文针对上述表观遗传学研究中存在的问题，开展了对表观遗传特征相关算法工具及其与基因表达关系的分析研究，论文的主要研究内容和创新点如下集成文献中的重要特征，设计并实现了个序列的特征提取软件工具。该软件封装了特征的计算过程，可以方便地批量计算目标序列的相关特征，为后续的数据分析和挖掘提供便利。分析了序列特征计算过程中的特殊性，提出了种基于“空间换时间”的序列模式计算算法，设计了以数据结构来存储中间结果的方案，使得扫描序列次即可同时计算所有元组模式在该序列中出现的次数。实验结果及分析表明，该算法提升了序列模式特征计算的效率......”。

5、以下这些语句存在多种问题，包括语法错误、不规范的标点符号使用、句子结构不够清晰流畅，以及信息传达不够完整详尽——“.....计算算法由于可能需要计算多个目标序列的多个类型的特征，本软件采用顺序处理的算法策略按照用户提供的目标序列的次序依次处理每个目标序列对于每个序列的潜在四个类型特征按照和的次序顺序处理。使用方法通过种可行的方式输入目标序列，然后指定需要计算的特征，点击“开始计算”按钮，计算结果显示于相应的结果框中。点击“保存结果”按钮可以保存结果于三个文件中，见图。图序列的特征提取软件万方数据杭州电子科技大学硕士学位论文输入目标序列序列的输入方法可以通过三种方式输入目标序列直接在序列框中输入格式化的序列通过点击“使用文件”按钮输入个或多个包含序列的文件，可使用按钮“查看详情”查看当前已经添加的序列文件组合前两种方式输入序列数据。目标序列的格式每个目标序列的格式类似格式，分为两行第行为以开始的头部信息，第二行为碱基序列本身......”。

6、以下这些语句存在多方面的问题亟需改进，具体而言：标点符号运用不当，句子结构条理性不足导致流畅度欠佳，存在语法误用情况，且在内容表述上缺乏完整性。——“.....元组模式特征则是由数量几百的元组模式序列组成的模式集。相关的算法算法是个常用且高效率的模式匹配算法，该算法在常规顺序扫描匹配模式算法的基础上，预先构造模式本身的“失配推进表”，当在次匹配的过程中，出现字符匹配不相等的情况时，算法在已经得到的部分匹配的计算结果基础上，尽最大可能滑动模式字符串，而并不需要往回移动字符遍历指针，实际上就是查询“失配推进表”得到在模式当前位置失配的情况下模式可以向右“滑动”的最远的段距离，继续进行比较，此算法可以在序列长度为，元组模式长度为时，以的时间复杂度进行模式串和待匹配串的匹配计算操作。在计算机科学中，另个久负盛名的模式匹配算法是算法，它是个对字符串进行匹配搜索的效率极为优秀的算法，在实际的字符串搜索应用场合算法是个基本的常用的算法。它由和设计于年。算法对需要匹配搜索的模式字符串进行相应的预先处理，而不是对目标字符串进行预处理......”。

7、以下这些语句存在标点错误、句法不清、语法失误和内容缺失等问题，需改进——“.....本论文不含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品或成果。对本文的研究做出重要贡献的个人和集体，均已在文中以明确方式标明。申请学位论文与资料若有不实之处，本人承担切相关责任。论文作者签名日期年月日学位论文使用授权说明本人完全了解杭州电子科技大学关于保留和使用学位论文的规定，即研究生在校攻读学位期间论文工作的知识产权单位属杭州电子科技大学。本人保证毕业离校后，发表论文或使用论文工作成果时署名单位仍然为杭州电子科技大学。学校有权保留送交论文的复印件，允许查阅和借阅论文学校可以公布论文的全部或部分内容，可以允许采用影印缩印或其它复制手段保存论文。保密论文在解密后遵守此规定论文作者签名日期年月日指导教师签名日期年月万方数据杭州电子科技大学硕士学位论文摘要表观遗传特征的研究在表观遗传学的领域中是个热点问题。其中特征的提取量化是个关键步骤，然而目前各文献采用的方法不同......”。

8、以下文段存在较多缺陷，具体而言：语法误用情况较多，标点符号使用不规范，影响文本断句理解；句子结构与表达缺乏流畅性，阅读体验受影响——“.....或者在多个目标字符串中搜索个模式字符串的场合。算法使用在预处理阶段收集到的信息来跳过目标字符串的些区段，因此与其他字符串搜索算法相比，算法有着更低的时间复杂度。大多数情况下对算法来说，搜索的模式字符串长度越大，算法的执行效率越高。单个序列顺序遍历算法作为参照对比，对于计算个模式序列在序列中的匹配情况，我们设计了如下的匹配算法算法，输入需要进行模式匹配的序列，模式。输出模式在序列中出现的次数万方数据硕士学位论文题目表观遗传修饰间相互作用关系的研究研究生戴胜冬专业计算机应用技术指导教师杨昆副教授完成日期年月万方数据杭州电子科技大学硕士学位论文表观遗传修饰间相互作用关系的研究研究生戴胜冬指导教师杨昆副教授年月万方数据，万方数据杭州电子科技大学学位论文原创性声明和使用授权说明原创性声明本人郑重声明所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果......”。

9、以下这些语句存在多方面瑕疵，具体表现在：语法结构错误频现，标点符号运用失当，句子表达欠流畅，以及信息阐述不够周全，影响了整体的可读性和准确性——“.....其中染色体按格式提供，为序列所在的染色体编号起始结束位置表示的是使用匹配此序列给出的位置。或者头部信息只包含“序列名”，此时头部信息没有提供目标序列在基因组中的位置信息，软件将通过内置的预处模块调用附带的程序把序列匹配到人类基因组，从匹配结果中提取相应的位置信息。个包含两个序列的例子如下输入计算特征特征的输入方法可以通过三种方式输入需要计算的特征直接在特征框中输入格式化的特征和勾选系统提供的特征通过点击“使用文件”按钮输入个或多个包特征的文件，可使用按钮“查看详情”查看当前已经添加的特征文件组合前两种方式输入特征数据。特征的格式无论是从文件提供还是通过程序交互界面提供的特征，行只能包含个特万方数据杭州电子科技大学硕士学位论文征，同行中所包含的空格或者其他符号将被视为特征的部分，以换行符隔开两个不同的特征。用户提供的类的特征不区分大小写，其他类别的特征须和内置的相应的特征大小写完全致......”。