该使用什么样的连接机制才能够在满足用户的功能需求的基础上，进步提高分子动力学模拟并行构件程序的执行性能。由于分子动力学模拟软件本身的结构特点，考虑以下些因素，需要模拟的粒子本身的物理特点，所选用的力场特点，边界范围和，本文作者设计了并行构件的自描述功能，包括对并行构件使用的计算模型和计算粒度的描述，对实现同功能所使用的算法的描述，以及并行构件所使用的编程语言等等，在这些自描述信息的指导下，用户可以更有针对性地选择实现自己所需要的功能，同时和其他并行构件有着较简单高效的连接机制，同时在特定的硬件平台上有更高性能的并行构基于并行构件技术的分子动力学模拟系统的设计与实现论文原稿高分子动力学模拟并行构件程序的运行性能。计算模型分析与运行平台资源管理和普通串行构件技术样，并行构件技术最大的优势就是将定的计算功能包含在个模块当中，模块的使用者并不需了解这个功能模块的内部细节，而只通过构件对外提供的接口来连接不同的构件，实现自己所需要的软件功能。这种组合方式提高了并行构件的复用性，用户进行分子动力学模拟的软件系统般都由多种计算模型，比如使用数据并行模型对要模拟的粒子进行分组，或使用任务并行模型对要模拟的空间进行划分，串行计算粒子受力情況和位移的情况两个模块，提出了新的多计算模型，多粒度的并行分子动力学模拟软件的软件体系结构。建立了分子动力学模拟软件的并行构件体系结构规范，支持使用高级语度，合理地部署不同的并行构件到不同的硬件资源上执行，进步提高分子动力学模拟并行构件程序的运行性能基于并行构件技术的分子动力学模拟系统的设计与实现论文原稿。参考文献江蓉君，罗健辉，白瑞兵，等多元体系油水界面上常见表面活性剂行为的分动力学模拟高等学校化学学报，彭云峰，魏胜利扩展支持并行分子动力学模拟中应用构件技术的优势本文作者针对使用计算机进行分子动力学模拟的软件系统般都由多种计算模型，比如使用数据并行模型对要模拟的粒子进行分组，或使用任务并行模型对要模拟的空间进行划分，串行计算粒子受力情況和位移的情况两个模块，提出了新的多计算模型，多粒度的并行分子动力学模拟软件的软件体系结构。建立了构件运行框架，提出对这类并行构件的描述语言，提供对使用高级编程语言编写这类并行构件的支持。在此基础上，本文作者考察了提高并行分子动力学模拟软件开发效率的新方法，包括并行构件接口的描述和表达，并行构件自描述信息的的表示，计算模型和部署平台硬件资源的关系，并行构件的管理和运行，构件自描述信息和硬件平台计算资源才能够在满足用户的功能需求的基础上，进步提高分子动力学模拟并行构件程序的执行性能。由于分子动力学模拟软件本身的结构特点，考虑以下些因素，需要模拟的粒子本身的物理特点，所选用的力场特点，边界范围和初始条件。而由于并行构件内部的具体实现特点，需要考虑以下因素，并行构件内部所使用的计算模型，计算粒度和具体的实现述，以及并行构件所使用的编程语言等等，在这些自描述信息的指导下，用户可以更有针对性地选择实现自己所需要的功能，同时和其他并行构件有着较简单高效的连接机制，同时在特定的硬件平台上有更高性能的并行构件实现。同时，由于不同的并行构件可能采用了不同的计算模型和计算粒度，它们之间的连接情况往往比较复杂，比如个采用了势就是将定的计算功能包含在个模块当中，模块的使用者并不需了解这个功能模块的内部细节，而只通过构件对外提供的接口来连接不同的构件，实现自己所需要的软件功能。这种组合方式提高了并行构件的复用性，用户需要哪个计算功能，不需要自己使用编程语言编程实现，只要选用已经制作好的提供该功能的并行构件即可，提供了软件的生产基于并行构件技术的分子动力学模拟系统的设计与实现论文原稿自适应匹配，并行构件之间的通信，并行构件的运行框架，分子动力学模拟并行构件程序的建模，性能估算，并行构件程序的测试等。在此基础上，开发了能够支持分子动力学模拟并行构件程序的运行框架和建模工具，结合分子动力学模拟软件的并行构件化过程，研究面向偏微分方程求解的并行构件技术，提高了分子动力学模拟软件系统的开发效构件的生成，连接和调用机制，实现了个分子动力学模拟程序的并行构件运行框架，进步完善并行构件之间的交互机制。本文作者针对常用分子动力学模拟程序的功能模块由多种计算模型和计算粒度组成的特点，提出适用于分子动力学模拟的并行构件体系结构，建立了适合于分子动力学模拟的并行构件规范，设计实现了适合分子动力学模拟的并行件自描述信息的的表示，计算模型和部署平台硬件资源的关系，并行构件的管理和运行，构件自描述信息和硬件平台计算资源自适应匹配，并行构件之间的通信，并行构件的运行框架，分子动力学模拟并行构件程序的建模，性能估算，并行构件程序的测试等。在此基础上，开发了能够支持分子动力学模拟并行构件程序的运行框架和建模工具，结合算法等。为此，本文作者研究针对分子动力学模拟的科学计算系统的实际需求，将计算模型，并行构件模型和分子动力学模拟软件的自身特点相结合，实现了不同的分子动力学模拟软件的并行构件之间的交互，尤其是不同的编程语言，不同的计算模型或不同的计算粒度的并行构件之间的交互机制，并在此基础上，实现了不同的分子动力学模拟并行个进程进行计算的并行构件要和个使用两个进程的并行构件进行连接时，必须要使用特定的连接机制，比如连接子等对这两个并行构件之间的数据交互进行转换，在有些资料里这种做法被称为转换。本文作者对分子动力学模拟软件的并行构件所使用的连接子进行了研究，对于不同的分子动力学模拟软件的并行构件，应该使用什么样的连接机制率，减轻了软件编程人员的负担。同时由于同功能可以有不同的具体实现，这些实现细节被包含在不同的并行构件内部，从外部来看，这些并行构件提供的是相同的接口，实现的是同个功能，为了更好地利用这些并行构件，本文作者设计了并行构件的自描述功能，包括对并行构件使用的计算模型和计算粒度的描述，对实现同功能所使用的算法的描分子动力学模拟软件的并行构件化过程，研究面向偏微分方程求解的并行构件技术，提高了分子动力学模拟软件系统的开发效率基于并行构件技术的分子动力学模拟系统的设计与实现论文原稿基于并行构件技术的分子动力学模拟系统的设计与实现论文原稿。计算模型分析与运行平台资源管理和普通串行构件技术样，并行构件技术最大的优基于并行构件技术的分子动力学模拟系统的设计与实现论文原稿分子动力学模拟的并行构件体系结构，建立了适合于分子动力学模拟的并行构件规范，设计实现了适合分子动力学模拟的并行构件运行框架，提出对这类并行构件的描述语言，提供对使用高级编程语言编写这类并行构件的支持。在此基础上，本文作者考察了提高并行分子动力学模拟软件开发效率的新方法，包括并行构件接口的描述和表达，并行构初始条件。而由于并行构件内部的具体实现特点，需要考虑以下因素，并行构件内部所使用的计算模型，计算粒度和具体的实现算法等。为此，本文作者研究针对分子动力学模拟的科学计算系统的实际需求，将计算模型，并行构件模型和分子动力学模拟软件的自身特点相结合，实现了不同的分子动力学模拟软件的并行构件之间的交互，尤其是不同件实现。同时，由于不同的并行构件可能采用了不同的计算模型和计算粒度，它们之间的连接情况往往比较复杂，比如个采用了个进程进行计算的并行构件要和个使用两个进程的并行构件进行连接时，必须要使用特定的连接机制，比如连接子等对这两个并行构件之间的数据交互进行转换，在有些资料里这种做法被称为转换。本文作者对分子动需要哪个计算功能，不需要自己使用编程语言编程实现，只要选用已经制作好的提供该功能的并行构件即可，提供了软件的生产率，减轻了软件编程人员的负担。同时由于同功能可以有不同的具体实现，这些实现细节被包含在不同的并行构件内部，从外部来看，这些并行构件提供的是相同的接口，实现的是同个功能，为了更好地利用这些并行构件言编写分子动力学模拟软件的并行构件，方便用户根据不同的需要选用不同的并行构件进行简单的组装，实现自己所需要的分子动力学模拟软件，减轻分子动力学模拟软件编写人员的编程负担。在此基础上，针对异构的并行构件执行的硬件平台，可根据并行构件本身的计算模型和粒度，合理地部署不同的并行构件到不同的硬件资源上执行，进步提构件及其性能优化小型微型计算机系统，潘佳艺，王芳，杨静怡，等异构集群下的负载自适应反馈调度策略计算机工程与科学，基于并行构件技术的分子动力学模拟系统的设计与实现论文原稿基于并行构件技术的分子动力学模拟系统的设计与实现论文原稿。分子动力学模拟中应用构件技术的优势本文作者针对使用计算机了分子动力学模拟软件的并行构件体系结构规范，支持使用高级语言编写分子动力学模拟软件的并行构件，方便用户根据不同的需要选用不同的并行构件进行简单的组装，实现自己所需要的分子动力学模拟软件，减轻分子动力学模拟软件编写人员的编程负担。在此基础上，针对异构的并行构件执行的硬件平台，可根据并行构件本身的计算模型和粒