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并行计算在生物序列比对中的应用(论文原稿) 并行计算在生物序列比对中的应用(论文原稿)

格式:word 上传:2022-08-19 18:38:30

《并行计算在生物序列比对中的应用(论文原稿)》修改意见稿

1、“.....序列和的局部最优比对用来表示,其中并行计算在生物序列比对中的应用论文原稿和的局部最优比对用来表示,其中分别为和的子序列,且的分值是和中所有子序列比对分值的最大值。并行计算在生物序列比对中的应用论文原稿。从开始,按得到个得分矩阵,选取其中得分最高的子序列的末端,然后利用动态规划的方法回溯寻找,得到局部最优比对序列......”

2、“.....用来存放所有可在很大程度上反映了序列之间的相似性程度以及它们的生物学特征。序列比对根据同时进行比对的序列数目多少可分为双序列比对和多序列比对,从比对范围考虑也可分为全局比对和局部比般来说,评价生物序列比对算法的标准有两个为算法的运算速度,为获得最佳比对结果的敏感性或准确性。然而,随着测序技术的发展......”

3、“.....在分析价值的信息,而序列比对是当前最重要,最基本的方法,是指两个或多个序列按字母比较,尽可能确切地反映它们之间的相似和相异性,阐明序列之间的同源关系。在序列分析中,将未知序其复杂度为。生物序列比对可以看作字符串的比对,用如下的定义来描述序列的比对与相似性......”

4、“.....从序列的片段测定,拼接,基因的表达分析,到和蛋白质的结构功能预测,物种亲缘树的构建都需要进行生物分子序列的相似的并行算法,比较各自的加速比和最优比对序列。关键词生物序列比对问题背景与提出生物信息学最首要的任务就是从大量的生物信息数据中......”

5、“.....从序列的片段测定,拼接,基因的表达分析,到和蛋白质的结构功能预测,物种亲缘树的构建都需要进行生物分子序列的相似性比并行算法,比较各自的加速比和最优比对序列。关键词生物序列比对问题背景与提出生物信息学最首要的任务就是从大量的生物信息数据中,提取有生物,从比对范围考虑也可分为全局比对和局部比对......”

6、“.....摘要生物信息学作为门综合运用分子生物学数学和计算机等学科的理论和方法的交叉学科和理解海量序列数据所包含的生物意义提供了可能。而海量的数据信息,使得生物序列比对计算需要耗费大量的时间,本文中针对此问题,实现,比较。序列比对的基本定义在生物分子信息处理过程中,将生物分子序列抽象为字符串,其中的字符取自特定的字母表。例如,序列由种核苷酸组成,用......”

7、“.....生物价值的信息,而序列比对是当前最重要,最基本的方法,是指两个或多个序列按字母比较,尽可能确切地反映它们之间的相似和相异性,阐明序列之间的同源关系。在序列分析中,将未阐明和理解海量序列数据所包含的生物意义提供了可能。而海量的数据信息,使得生物序列比对计算需要耗费大量的时间,本文中针对此问题,实现......”

8、“.....比对算法的结果在很大程度上反映了序列之间的相似性程度以及它们的生物学特征。序列比对根据同时进行比对的序列数目多少可分为双序列比对和多序列比对构造得分矩阵,用来存放所有可能的对比结果。般来说,评价生物序列比对算法的标准有两个为算法的运算速度,为获得最佳比对结果的敏感性或准确性。然而,随着测序技术的发展,生物分别为和的子序列......”

9、“.....局部最优序列比对串行算法描述基本思想本文针对两两序列最优局部比对的从右下到左上的方向,对矩阵进行回溯就可以求得局部最优比对序列。算法描述为简化问题,本文中假设序列和中分别只可加入个空位,且空位间隔为,则设。将序列和相应的位置进的对比结果。将序列和相应的位置进行比较......”

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