除此之外，虽然没有获得轮藻基因组中的全长基因序列，但在该基因组中也有部分同源序列｡而在陆生植物基因组中则普中，对两对模型的对数似然值差数的倍进行卡方χ测验，自由度为模型中参数个数的差值｡其中模型的自由度为，模型的自由度为｡利用分枝位点模型检测正选择对单子叶植物基因在植物的固定中起到的作用｡分别设定单子叶植物基因簇中的每个基因为前景枝，剩余为背景枝，进行正选择作用检测｡通过比基于基因进化及基因起源进行植物基因研究遗传学论文蛋白序列进行比对，将比对结果输入软件中，分别采用极大似然法法和邻接法构建系统进化树｡极大似然法和邻接法参数设臵都为模型，重抽样次以获取每分枝的支持率｡系统进化树的显示利用软件｡正选择作用检测利用中的软件包对所有单子叶植物基因的物相似的调控花器官生长发育的作用，并且在不同的玉米杂种优势群中，具有明显人工选择的信号｡本文拟基于在基因组水平上对基因的鉴定，通过系统进化树分析该基因在植物中的进化规律，并通过正选择作用的分析，阐明其在禾本科植物进化过程中经历的选择压力｡材料与方法植物基因的鉴定利用拟南芥和玉米该过程中具有至关重要的作用｡基因编码植物特有的类转录因子，在金鱼草中克隆的基因具有启动植物开花过程并调控花生长发育的作用｡拟南芥基因的突变体具有与金鱼草同源基因相似的功能，而过表达该基因则使得植株花期提前，并且侧枝均被单花器官所替代｡除了调控花的生长发育之外摘要植物基因编码植物特有的类转录因子，在显花植物营养生长向生殖生长的转变中起了重要作用｡本研究采用同源性检索系统进化分析和正选择作用检测等方法对植物基因进行了系统的进化分析，结果发现植物基因最早起源于轮藻，并在陆生植物基因组中稳定遗传下来不同陆生植物基因组的正选择作用往往与新功能的产生或功能分化有关，由此说明玉米的和基因具有功能分化｡这两个重复基因的功能分化已经通过数量性状位点定位的方法得到了证实，主要行使与开花时间相关的功能，而主要调控分枝和花序的结构｡由此表明，单拷贝基因往往具有保守的功能，而重复基因往往由于正选择作用等产生功功能冗余，可以保持遗传系统的稳定｡本研究对植物基因的起源以及进化模式进行分析，发现该基因在大部分代表性植物物种中仅存在单拷贝，在部分物种，如玉米油棕江南卷柏和小立碗藓中存在基因复制现象，但也只存在个拷贝｡选择压力用值表示作为进化驱动力，对基因功能多样性的形成起到了关键作用，和分别代表选择，进化出了新的功能，而和经历了纯化选择，保留了其原始的功能｡其中正选择位点和和分别对和基因功能的固定起到了关键作用｡其余单子叶植物单拷贝基因的结果均未达到显著｡表基于分枝位点模型的正选择作用检测讨论对植物基因在主要代表性植物物种中的分布了贝叶斯后验概率估计，发现了个氨基酸位点存在明显的正选择作用｡表基于位点特异性模型的正选择位点检测进步利用分枝位点模型检测个单子叶植物基因的正选择作用位点，通过比较备择假设和无效假设对这些基因受到的选择压力进行适应性分析，并通过贝叶斯方法对前景枝每个位点受到的正选择作用的后验概率进行估计表｡玉米基于基因进化及基因起源进行植物基因研究遗传学论文能分化｡参考文献张亚萍，习珺珺，于丽霞，等基因在花发育网络调控中的研究进展现代农业科技，冯延芝，李芳东，王璐，等同源基因系统进化及研究进展中南林业科技大学学报，刘嘉欣，陈志阳植物基因的起源和进化分析科技风，基于基因进化及基因起源进行植物基因研究遗传学论文亚功能化都是基因家族中重复基因的进化模式，在遗传变异过程中可以使作物获得新的功能从而应对环境的变化｡在植物从营养生长向生殖生长的转变中起着重要的作用，其玉米中的同源基因和在生殖发育中的功能很大程度上是非常保守的｡本研究发现，玉米的两个基因中，只有基因经历了正选择作用｡的选择压力分析正选择检测的位点特异性模型能有效估算组同源基因的正选择效应，本研究基于该模型对单子叶植物基因进行了正选择检测｡在该模型下，每个位点的值不同，当时，认为位点经历了正选择作用｡首先通过比较和模型估算每个氨基酸位点的值，从而判断同源基因在进化过程中是否存在不同的选择压力｡了纯化选择中性进化和正选择，其中正选择是物种适应环境的表现，有利于获得新的基因和功能，而纯化选择有助于基因保留有利的功能，｡对单子叶植物基因的选择压力进行分析，发现纯化选择是单子叶植物基因在进化过程中受到的主要选择压力，但是在不同基因上存在差异｡基因重复是遗传创新的重要来源，新功能化和进行分析，发现其同源基因只存在于植物中，并且在绿藻中没有同源基因，但在轮藻中存在同源基因，由此表明基因起源于链形植物包括轮藻和陆生植物的祖先物种｡直系同源基因是指起源于共同祖先但存在于不同物种之间的基因，基因复制则是在同物种中发生的｡在所有已测序的基因组中都存在大量的基因复制现象，通过重复基因之间和的结果为个显著个不显著，说明正选择在玉米的进化中起了重要作用｡其中在玉米中检测到个平均后验概率大于的正选择位点和，油棕中两个基因的结果也为个显著个不显著，同样在基因中检测出了正选择位点和｡说明在玉米和油棕的进化过程中，和经历了正果发现模型下估计值为，表明纯化选择是单子叶植物基因进化过程中受到的主要选择压力｡然而基于的似然比测验发现达到了显著水平，表明不同氨基酸位点存在选择压力的差异｡进步通过模型的似然比测验鉴定受到正选择作用的氨基酸位点，结果发现该基因在单子叶植物中的进化受到了正选择作用的影响｡在模型下进行基于基因进化及基因起源进行植物基因研究遗传学论文其物种基因组与其他主要系谱分化之后通过复制形成的｡进步分析了不同物种基因的外显子内含子结构，结果发现除了轮藻的基因之外个内含子，植物普遍具有个内含子，并且内含子所在的位臵是非常保守的｡图植物基因的系统进化树单子叶植物基因遍具有同源基因｡由此表明，基因最早起源于轮藻，并传递到所有陆生植物中｡为进步阐明该基因在植物中的起源和进化模式，本研究筛选了陆生植物个代表性物种对该基因的进化进行分析｡基因在这些物种的基因组中分布不均衡，其中玉米油棕小立碗藓和江南卷柏中具有个基因，而在其他植物的基因组中只具较备择假设和无效假设对个单子叶植物基因受到的选择压力进行适应性分析｡在似然比测验为显著的前提下，进步利用贝叶斯经验贝叶斯方法计算前景枝中每个位点经历的正选择作用后验概率值｡结果与分析植物基因的鉴定本研究分别以拟南芥和水稻的基因作为检索序列，在的数据库中进行了检值进行计算｡使用软件对代表性物种蛋白质和与之对应的核苷酸序列进行转换，得到对齐的核苷酸序列，将该序列输入程序进行分析｡利用位点特异性模型中的和进行似然比检验｡其中模型用来检测编码位点之间选择压力的差异，而模型用来对正选择作用位点进行估计｡在每个似然比检验基因和编码的蛋白质序列作为检索序列，采用检索和的和序列数据库，获得植物代表性物种基因组中的同源基因，并下载相应的编码区序列和基因组序列｡植物基因序列分析与系统进化树构建通过对所有代表性物种，基因还具有调控烟草顶端分生组织发育番茄复叶发育和水稻花序分枝等功能，｡在大部分显花植物中，基因只具有个拷贝，并且每基因通常具有个内含子，其第个内含子经常被用来作为被子植物系统发育分析的参考序列｡在玉米基因组中，具有个基因，分别是和，其突变体具有与其他植基因具有相似的基因结构单子叶植物的基因经历了明显的正选择作用，而玉米和油棕中分别具有个基因，且其中的个经历了正选择作用，可能与新功能的形成及功能分化有关｡关键词基因植物正选择作用系统进化遗传学植物在由营养生长向生殖生长的转变过程中，需要多个基因协同调控｡其中基因在