1、“.....退火退火温度视基因片段而定，表，延伸若干分钟延伸时间按计算，共个循环最后再延伸。关键词全基因组比对分析甘可能存在多种株系。除此之外，本试验基于全基因组序列构建系统发育树，相较单基因序列建树，全基因组序列建树能够从基因组水平上，更准确地探究不同分离物之间的系统发育关系。参考文献马代夫，李强，曹清河，等中国甘薯产业及产业技术的发展与展望江苏农业学报，黄艳岚，张超凡，邹学校甘薯杆状病毒湖南分离物基因组全序列测定及比较分析植物病理学报，黄艳岚，张道微，董芳，等深度测序鉴定甘薯种质的甘薯曲叶病毒分子育种，刘起丽，张建新，李学成，等侵染甘薯的病毒研究进展植物保护，范平民广西甘薯病毒病的检测及种病毒和的基因组序列分针对全基因组序列测定进行甘薯病毒吉林分离物研究病毒学论文等手段获得了吉林分离物的全基因组序列，并且通过序列致性比对......”。

2、“.....这是中国大陆地区首次关于全基因组序列的报道，同时也是首次在中国东北地区发现。本研究结果为后续深入开展种群的遗传进化及相关功能研究奠定了基础。序列致性比对分析结果中有部分数据值得注意，首先在与和比对结果中发现，与在非编码区核苷酸序列差异性较大，而在编码区和非编码区核苷酸序列差异性较小，与此致性较低，仅为和，而与致性较高，均超过在非编码区上致性较高，均超过。在单个基因区段上与的核苷酸和氨基酸致性分别为和，致性均非常高而与和的核苷酸和氨基酸致性为和，致性较低。综上所述，与分离物致性非常高，与致性较低。系统发育分析建树序列经过多重比对与剪裁后，得到长度为的序列保守区。根据软件的标准，建树序列最合适的核苷酸替换模型为。法构建的系统发育树如进行评估。结果与分析分离物的全基因组序列特征分离物全基因组分段扩增结果如图所示......”。

3、“.....图分离物分段扩增结果通过测序拼接获得的分离物基因组全长为，端和端非编码区，的长度分别为和，其中末端具有尾序列图。该分离物仅包含个开放阅读框，位于，翻译出个包含个氨基酸残基的多聚蛋白，属于典型的属病毒的基因结构。剪切位点分析显示，分离物的个剪切位点分别为试验材料吉林分离物于年月采集自吉林省长春市甘薯种植区，呈典型明脉花叶症状，前期经血清学检测和基因扩增初步确定为分离物，将新鲜样品臵于密封袋中，于冻存。反应结束后，取产物用琼脂糖凝胶电泳进行检测，检测后切取目的条带，利用胶回收试剂盒进行纯化，纯化产物与载体进行连接，并转化到胞中。通过菌落筛选出阳性克隆子，随机选取个，委托吉林省库美生物科技有限公司进行测序。根据测序结果设计用于扩增非编码区的引物表，非编码区的扩增采用试剂盒，步骤依照说明书进行。序列分析利用究病毒学论文......”。

4、“.....呈典型明脉花叶症状，前期经血清学检测和基因扩增初步确定为分离物，将新鲜样品臵于密封袋中，于冻存。材料与方法本试验于年月至年月在吉林省农业科学院植物保护研究所微生物实验室完成。试验方法提取及基因组克隆采用试剂法从确定感染的甘薯叶片中提取总，提取步骤参照试剂盒说明书。以总为模板，参照反转录试剂盒说明书进行反转录，反应体系区核苷酸序列差异性较大，类似数据差异在同为的马铃薯病毒全基因组序列致性比对分析中也有发现，并且研究已表明这种数据差异是由不同株系重组造成的，据此推断，分离物的形成也可能与不同分离物的重组有关。其次，在与和的比较中发现，与这两个分离物在全基因组水平上序列差异较大，同时在系统发育树中也发现和这两个分离物与系统发育关系较远，因此，可能存在多种株系。除此之外，本试验基于全基因组序列构建系统发育树和，为外族。从图中可以看到......”。

5、“.....但是从图中的拓扑结构来看，与和系统发育关系最近，而与该区域其他分离物系统发育关系相对较远。同时与中国台湾地区分离物系统发育关系相对较远而与两个国外分离物系统发育关系较近，表明各分离物在遗传多样性上与地理分布无显著联系。图基于全基因组氨基酸序列的与其他分离物的系统发育关系结论与讨论本研究通过克隆测序等手段获得了吉林分离物的全基因组序列，并且通过序。分离物不同基因的位臵大小以及编码蛋白的大小如表所示。图基因组结构图表分离物全基因组信息及其序列致性比较分离物的序列致性分析序列致性分析显示，在开放阅读框水平上与其他个分离物的核苷酸和氨基酸相似性分别为表，其中与相似性最高，均为，与相似性最低，仅为和。在和非编码区上，核苷酸致性分别为和，其中在非编码区上与致性较低，仅为和，而与致性较高，均超过针对全基因组序列测定进行甘薯病毒吉林分离物研究病毒学论文，于温浴......”。

6、“.....并依次加入，反应，反应。根据中已登录的个不同分离物登录号及名称见图全基因序列的保守区，设计用于合成全基因序列的简并引物和特异性引物表，以上引物委托吉林省库美生物科技有限公司合成。针对全基因组序列测定进行甘薯病毒吉林分离物研究病毒学论文。材料与方法本试验于年月至年月在吉林省农业科学院植物保护研究所微生物实验室完比较分析植物病理学报，乔奇，张振臣，张德胜，等中国甘薯病毒种类的血清学和分子检测植物病理学报，王爽，田雨婷，乔奇，等侵染甘薯的菜豆金色花叶病毒属病毒和甘薯褪绿矮化病毒多重检测方法的建立与应用植物保护学报，古英洪，汤浩茹，张义正甘薯病毒外壳蛋白基因克隆与序列分析中国农学通报，马俊丰，李小宇，张春雨，周雪平，王永志甘薯病毒吉林分离物的全基因组序列测定与分析植物保护，基金国家重点研发计划吉林省农业科技创新工程吉林省农业产业技术体系马铃薯甘薯综合栽培技术示范与推广......”。

7、“.....从中选取个其他分离物的核苷酸序列作为参考，使用最大似然法，基于全基因序列编码区，核苷酸序列构建系统发育树。建树之前，采用软件检测核苷酸序列替换是否饱和。利用软件选择最优化的核苷酸替换模型，并参照标准设臵相应参数，最后通过自举法来对各分支节点的臵信度进行评估。结果与分析分离物的全基因组序列特征相较单基因序列建树，全基因组序列建树能够从基因组水平上，更准确地探究不同分离物之间的系统发育关系。参考文献马代夫，李强，曹清河，等中国甘薯产业及产业技术的发展与展望江苏农业学报，黄艳岚，张超凡，邹学校甘薯杆状病毒湖南分离物基因组全序列测定及比较分析植物病理学报，黄艳岚，张道微，董芳，等深度测序鉴定甘薯种质的甘薯曲叶病毒分子育种，刘起丽，张建新，李学成，等侵染甘薯的病毒研究进展植物保护......”。

8、“.....秦艳红，渠瑞娜，乔奇，等甘薯病毒中国分离物全基因组序列测定致性比对，构建系统发育树等方法对其基因组结构特征及其系统发育关系进行了全面的探究与分析。这是中国大陆地区首次关于全基因组序列的报道，同时也是首次在中国东北地区发现。本研究结果为后续深入开展种群的遗传进化及相关功能研究奠定了基础。序列致性比对分析结果中有部分数据值得注意，首先在与和比对结果中发现，与在非编码区核苷酸序列差异性较大，而在编码区和非编码区核苷酸序列差异性较小，与此相反的是，与在和非编码区核苷酸序列差异性较小，在编在非编码区上致性较高，均超过。在单个基因区段上与的核苷酸和氨基酸致性分别为和，致性均非常高而与和的核苷酸和氨基酸致性为和，致性较低。综上所述，与分离物致性非常高，与致性较低。系统发育分析建树序列经过多重比对与剪裁后，得到长度为的序列保守区。根据软件的标准......”。

9、“.....法构建的系统发育树如图所示，个分离物共形成个区域，其中系统发育关系较近的分离物聚为簇分离物全基因组分段扩增结果如图所示，各片段大小均符合预期。图分离物分段扩增结果通过测序拼接获得的分离物基因组全长为，端和端非编码区，的长度分别为和，其中末端具有尾序列图。该分离物仅包含个开放阅读框，位于，翻译出个包含个氨基酸残基的多聚蛋白，属于典型的属病毒的基因结构。剪切位点分析显示，分离物的个剪切位点分别为针对全基因组序列测定进行甘薯病毒吉林分离物研究病毒学论文变性，退火退火温度视基因片段而定，表，延伸若干分钟延伸时间按计算，共个循环最后再延伸。反应结束后，取产物用琼脂糖凝胶电泳进行检测，检测后切取目的条带，利用胶回收试剂盒进行纯化，纯化产物与载体进行连接，并转化到胞中。通过菌落筛选出阳性克隆子，随机选取个，委托吉林省库美生物科技有限公司进行测序......”。