结肠癌肝转移机制研究中的难题。结果结肠癌模块的筛选本研究利用分析了结肠癌肝转移数据集，结果显示共有个模块，即模块模块，与结肠癌肝转移显著相关如图。其中，模块与组的相关性最为显著。模块包含共表达基因个，这些基因的表达量在结肠癌的恶性进展过程中，即从不具有转移特性到发生肝转移组组组，逐渐发生高表达或低表达，如图所癌肝转移显著相关如图。其中，模块与组的相关性最为显著。模块包含共表达基因个，这些基因的表达量在结肠癌的恶性进展过程中，即从不具有转移特性到发生肝转移组组组，逐渐发生高表达或低表达，如图所示。这些结果提示模块内的共表达基因可能与结肠癌肝转移关系密切。模块基因的网络分析及子模块的筛选图结肠癌肝转移相关模块筛选为了进步了解模块基因的内在联系，我们建立了模块的网络，如图所示。由于节点网络较大，为了更精准地挖掘出影响结肠癌肝转移的核心靶点，我们对网络进行了子模块挖掘，即找出大网络中具有更密切互作的基因团。结果显示在模块中共挖掘出个子模块，即子模块子模块，如图所示结肠癌肝转移过程中的核心基因模块和分子靶点的挖掘与验证研究肿瘤科职称，对结肠癌肝转移有重要影响。子模块中的高表达基因，作为转录因子家族的重要成员之，经数据库临床大样本验证发现与结肠癌的预后密切相关。研究发现参与多种肿瘤的发生发展。等的研究证实在胰腺癌中高表达并促进胰腺癌细胞的生长和转移。等的研究发现可以作为阴乳腺癌的肿瘤标志物并促进乳腺癌细胞增殖。此外，与结肠癌的关系密切，但多数研究集中在化疗药物增敏方面，它与结肠癌肝转移的关系还不明确。本研究通过分子生物学实验发现抑制能够减少结肠癌细胞的迁移和侵袭能力，提示可能对结肠癌肝转移有促进作用。图实验证实组中样本的配对原位结肠癌样本作为转移的过渡组，这些肿瘤细胞特点介于不转移和转移的肿瘤之间，处于转移基因逐渐改变的过程。相比简单设臵两组转移和不转移样本，这种组别设臵能够更加动态的而全面的挖掘结肠癌肝转移的基因变化。图大临床样本证实发生差异表达的结肠癌患者预后较差图的敲减效果验证研究表明在不同疾病样本中往往存在些具有表达共性的基因，它们协同表达并与疾病的表型关系密切。基因共表达网络分析是找出这些基因的重要手段。在本研究中，我们利用方法筛选出的个模块中，模块中的基因从不转移到转移向的转变过程中，表达量逐渐升高或降低，提示模块与结肠癌的肝转移过程密切相关。通过模块基因的网络可知该于正常表达的患者，如图所示。的敲减效果验证图模块网络中的个子模块利用和检测在结肠癌细胞系中的敲减效果。结果显示组中的表达明显低于阴性对照组如图所示。结果显示组中在蛋白水平的表达明显低于对照组，如图所示。实验结果证实能够有效敲减中的表达。敲减对人结肠癌细胞系迁移和侵袭能力的影响利用实验检测对迁移和侵袭能力的影响。实验结果表明与阴性对照组子模块的功能分析为了了解模块及子模块的功能，本研究利用，数据库对结肠癌肝转移模块及子模块基因进行功能分析。对结直肠癌患者预后的影响为了了解对临床结肠癌患者预后的影响，本研究基于癌症基因图谱中例结肠癌样本及其生存时间临床数据，使用分析了差异表达的结肠癌患者和正常表达的结肠癌患者之间的生存差异，并绘制生存曲线。图模块基因的互作网络子模块的功能富集分析为了明确子模块的孵育过夜后，加入稀释的辣根过氧化物酶标记抗北京中杉金桥室温孵育。暗室中，利用显影液和定影液行胶片成像。结肠癌肝转移过程中的核心基因模块和分子靶点的挖掘与验证研究肿瘤科职称。图根据结肠癌肝转移进展过程的数据集样本分组基于数据集，我们利用语言的包过滤掉在个组别之间的表达差异小于组内的表达差异的基因后进行分析。首先，利用分析构建基因共表达相关矩阵。共表达矩阵中的元素为基因之间的两两相关系数，即每对基因与基因的相关系数为据此构成共表达矩阵。其次，利用幂指数邻接函数，作为衡量基因之间关系的指标。根据无尺度网因与基因的相关系数为据此构成共表达矩阵。其次，利用幂指数邻接函数，作为衡量基因之间关系的指标。根据无尺度网络的原则确定加权系数，将矩阵转换成邻接矩阵。然后，构建分层聚类树，聚类树的不同分支代表不同的基因模块。模块识别后，基于分组表型数据，利用检验计算每个基因在不同组间的基因表达的显著性检验值，基因显著性用值表示，再将每个模块的显著性定义为模块内所包含基因的平均值。拥有显著升高的模块可能与疾病存在相关关系。结肠癌肝转移相关网络的建立及子模块挖掘为了进步探索模块中存在的基因互作关系并挖掘模块中的关键基因节点有重要的促肿瘤作用，子模块基因与结肠癌患者预后相关并具有促结肠癌转移能力。这些结果不仅证实了本次实验筛选的准确性，也为结肠癌肝转移的机制研究和临床诊疗提供新的参考。高博，陈卓妙语，王秋生基于权重基因共表达分析的结肠癌肝转移相关基因挖掘与验证中华结直肠疾病电子杂志，基金国家自然科学基金青年项目北京大学人民医院科研与发展基金青年项目。结肠癌肝转移过程中的核心基因模块和分子靶点的挖掘与验证研究肿瘤科职称。子模块的功能分析为了了解模块及子模块的功能，本研究利用，数据库对结肠癌肝与蛋白偶联受体信号调控有关。研究表明蛋白偶联受体与肿瘤转移的关系十分密切，它们不仅能够通过激活和细胞骨架改变来促进肿瘤的转移，还能够为肿瘤的血管生成补充营养进而提供肿瘤转移的路径。子模块内包含众多组蛋白家族基因，如，等。众所周知，组蛋白家族是表观遗传学调控的重要因子，组蛋白的乙酰化和去乙酰化修饰在肿瘤的发生发展以及肿瘤的远处转移过程中发挥重要作用。因此，子模块可能在结肠癌肝转移过程中扮演重要角色。此外，子模块基因主要参与通路。研究证实通路的激活能够促进结肠癌的恶性进程，对结肠癌肝转移有重要影响。子模块中的高表达基因，作为转录因子家族的重要结肠癌肝转移过程中的核心基因模块和分子靶点的挖掘与验证研究肿瘤科职称络的原则确定加权系数，将矩阵转换成邻接矩阵。然后，构建分层聚类树，聚类树的不同分支代表不同的基因模块。模块识别后，基于分组表型数据，利用检验计算每个基因在不同组间的基因表达的显著性检验值，基因显著性用值表示，再将每个模块的显著性定义为模块内所包含基因的平均值。拥有显著升高的模块可能与疾病存在相关关系。结肠癌肝转移相关网络的建立及子模块挖掘为了进步探索模块中存在的基因互作关系并挖掘模块中的关键基因节点，本研究利用数据库构建了模块蛋白互作网络，并利用软件绘制可视化网络图。然后，利用插件挖掘网络中的基因互作子模，。预变性之后每步变性退火延伸共进行个循环。每次在延伸阶段读取吸光值。制作溶解曲线。以表达值作为内参，根据公式计算表达值。检测利用检测敲减效果。使用细胞裂解液裂解细胞，并收集蛋白质，法测定蛋白浓度。加入上样缓冲液，并将混合物煮沸。聚丙烯酰胺凝胶电泳后，使用膜在恒定电流条件下，转膜。随后，使用脱脂奶粉密封膜，然后加入稀释的抗体美国。受到了显著抑制，如图所示。结果提示可能对结肠癌肝转移有促进作用。讨论肿瘤转移是个涉及多基因变化的复杂过程，阐明肿瘤转移背后的基因改变对于肿瘤转移机制研究至关重要。经典的肿瘤转移模型表明，在原发肿瘤的发展过程中，部分细胞会发生转移相关的基因突变，当这种改变积累到定程度后，这些细胞进而获得转移能力，最终发生肿瘤的远处转移。根据这些肿瘤转移特点，数据集收集了年内未发生转移的结肠癌样本作为阴性对照，这些肿瘤细胞内未发生转移基因的改变。同时，收集结肠癌肝转移的肝转移灶样本作为转移组，这些肿瘤细胞均具有肿瘤转移基因的变化。而这些转移样本的配对原位结肠癌样本作为转移的过渡组，这些肿瘤细胞特点介于不转移和转移的肿瘤之间本研究利用数据库构建了模块蛋白互作网络，并利用软件绘制可视化网络图。然后，利用插件挖掘网络中的基因互作子模块。实时荧光定量利用检测敲减效果。使用试剂美国分离细胞总，并使用试剂盒日本合成。使用基于荧光检测法在系统上行实时定量检测。次生物学重复。引物如下转移模块及子模块基因进行功能分析。对结直肠癌患者预后的影响为了了解对临床结肠癌患者预后的影响，本研究基于癌症基因图谱中例结肠癌样本及其生存时间临床数据，使用分析了差异表达的结肠癌患者和正常表达的结肠癌患者之间的生存差异，并绘制生存曲线。图根据结肠癌肝转移进展过程的数据集样本分组基于数据集，我们利用语言的包过滤掉在个组别之间的表达差异小于组内的表达差异的基因后进行分析。首先，利用分析构建基因共表达相关矩阵。共表达矩阵中的元素为基因之间的两两相关系数，即每对成员之，经数据库临床大样本验证发现与结肠癌的预后密切相关。研究发现参与多种肿瘤的发生发展。等的研究证实在胰腺癌中高表达并促进胰腺癌细胞的生长和转移。等的研究发现可以作为阴乳腺癌的肿瘤标志物并促进乳腺癌细胞增殖。此外，与结肠癌的关系密切，但多数研究集中在化疗药物增敏方面，它与结肠癌肝转移的关系还不明确。本研究通过分子生物学实验发现抑制能够减少结肠癌细胞的迁移和侵袭能力，提示可能对结肠癌肝转移有促进作用。图实验证实组中细胞的迁移和侵袭能