1、假设。尽管这不能揭示生物系统中全部关系，但是展示了生物体中相关基因在生物通路中表现局部现象，并反应了生物体里面生物分子间关系，展示各种生命活动规律。通过对生物通路深入研究，生物研究者可以识别条通路中基因，蛋白质，和其他分子等，从而通过这些已有线索来帮助疾病诊断。通过对造成疾病条生物通路识别和分析，能够进行更加专业治疗和对种疾病预防。同时通过对病理研究，也有助于新药研发。目前人体中所发现许多重要生物通路都是通过在培养细胞，细菌，果蝇，小鼠和其他生物体上做实验发现。但是，许多潜在生物通路还有待发现。通常生物学家需要花大量时间，去识别生物分子之间复杂关系，理解各种生物通路是如何协同工作，各种物种之间生物通路相似性，以及互相之间功能变化。生物通路数据库随着对。
2、交互式可视化研究与开发作者竺涌楠学位授予单位杭州电子科技大学引用本文格式竺涌楠生物通路交互式可视化研究与开发学位论文硕士,硕士学位论文题目生物通路交互式可视化研究与开发研究生竺涌楠专业计算机应用技术指导教师方景龙研究员陈健助理教授潘志庚研究员完成日期年月万方数据杭州电子科技大学硕士学位论文生物通路交互式可视化研究与开发研究生竺涌楠指导教师方景龙研究员陈健助理教授潘志庚研究员年月万方数据,万方数据杭州电子科技大学学位论文原创性声明和使用授权说明原创性声明本人郑重声明所呈交学位论文，是本人在导师指导下，独立进行研究工作所取得成果。除文中已经注明引用内容外，本论文不含任何其他个人或集体已经发表或撰写过作品或成果。对本文研究做出重要贡献个人和集体，均已在文中。
3、，人类记忆力是有限。目前可视化工具也仅仅只是为用户提供有限可以用来分析大而复杂数据浏览和操纵能力，因此，仍然不能有效地降低生物学家记忆和工作负担。针对这些问题，本文在生物通路图排列上，生物数据可视化，生物数据可视化分析设计上，和交互式系统界面设计上做了些研究工作。研究背景生物通路生物通路是细胞内生物分子包括基因，基因产物和化合物等经过系列生化级联反应来完成种生物过程。这样生物通路可以加工生成些新生物分子，比如说基因，蛋白质，脂肪。生物通路在生物体中作用是无可替代，生物通路变化譬如基因差异表达或多或少会对生物体产生些影响。比如，些生物通路是用来排毒，些会在受精卵变成胚胎发育过程中起着至关重要作用。因此，生物通路正常工作与否在种程度上预示着生物健康程度。。
4、生物信息研究继续，产生了大量生物信息数据。这迫切需要数据库管理系统来存储管理这些数据，同时也方便数据资源共享。接下来选取些常用生物学数据库作些简单介绍。是由日本京都大学生物信息中心和东京大学人类基因组中心联合开发商用生物信息数据库。它是个关于基因和酶促反映以及其他生物化学物质在线数据库，它包含多个子数据库关于生物分子信息基因与化学信息数据库，功能信息与系统信息数据库和生物通路通路数据库。里面生物通路图是人工绘制，这很耗时，而且当出现新通路，或条通路中发现新信息万方数据杭州电子科万方数据杭州电子科技大学硕士学位论文张磊第十四章基因表达与调控,万方数据杭州电子科技大学硕士学位论文附录攻读硕士期间主要研究成果在读期间发表学术论文参加科研项目万方数据生物通路。
5、现。但是，许多潜在生物通路还有待发现。通常生物学家需要花大量时间，去识别生物分子之间复杂关系，理解各种生物通路是如何协同工作，各种物种之间生物通路相似性，以及互相之间功能变化。生物通路数据库随着对生物信息研究继续，产生了大量生物信息数据。这迫切需要数据库管理系统来存储管理这些数据，同时也方便数据资源共享。接下来选取些常用生物学数据库作些简单介绍。是由日本京都大学生物信息中心和东京大学人类基因组中心联合开发商用生物信息数据库。它是个关于基因和酶促反映以及其他生物化学物质在线数据库，它包含多个子数据库关于生物分子信息基因与化学信息数据库，功能信息与系统信息数据库和生物通路通路数据库。里面生物通路图是人工绘制，这很耗时，而且当出现新通路，或条通路中发现新信。
6、功能视图隐喻成个气泡，并把静态多视图展示扩展到气泡隐喻界面。气泡之间不会重叠只会合组和离组，这样能够帮助用户方便且快速地切换视图，降低生物学家记忆负担。针对生物通路特点，该系统设计了生物通路图可视化功能气泡，可视化功能气泡，表格气泡，该系统能够帮助生物学家探索和解释生物通路中潜在信息。具体可视化功能如下生物通路图可视化气泡中生物通路图不仅仅只是用节点和线来表示网络图，而且创造性在生物通路图中加入细胞区室结构信息。这有利于生物学家找出生物通路中生物分子在细胞中具体位置。另外，本文设计了个在线编辑生物通路图平台，方便生物学家编辑和改善生物通路图。可视化气泡以环状层次图可视化形式整合现有全部生物通路条到个中，并用颜色来映射生物学家感兴趣信息，方便比较和查询。
7、界面和交互设计界面设计交互设计本章小结第五章总结与展望工作内容总结进步工作展望致谢参考文献附录万方数据杭州电子科技大学硕士学位论文图目录图可视化结果图界面图,界面图库结构设计图场景树结构设计图中生物通路可视化图些符号图环状层次机构图可视化文件系统中文件结构图虚拟桌面实现图每个菜单功能介绍图中算法流程图图系统界面图改进层次排列算法设计图图实时排列生物通路效果图图生物通路图在系统中可视化图显示条生物通路信息图中生物通路层次切换图中不同物种生物通路分析图基因表达功能菜单图输入基因表达数据后显示变化图基因数据分析效果图图中生物通路图质量处理管线设计流程图图生物通路图在线排列界面设计万方数据杭州电子科技大学硕士学位论文第章绪论随着生物技术高速发展和广泛生物研究。
8、各种生物通路各类物种之间关系，正变得越来越重要。人类可以迅速地解释视觉信息，用综合方式来解释这些数据可视化形式将极具价值。然而，人类记忆力是有限。目前可视化工具也仅仅只是为用户提供有限可以用来分析大而复杂数据浏览和操纵能力，例如许多数据分析中间过程繁多，这就需要应用不同窗口来展示不同信息。因此，仍然不能有效地降低生物学家记忆和工作负担。现存生物信息数据库，譬如等尽管提供了丰富数据，不过缺少个用户友好交互式可视化分析界面。另外，现有许多生物通路可视化分析工具，只能提供最为具体生物通路可视化结果，无法提供全局视图，这导致生物研究者无法把握数据分析过程中全局观念。针对上述问题，本文设计并实现了个基于关于生物通路交互式可视化分析系统，系统最大特点是把每个窗口。
9、息万方数据杭州电子科万方数据杭州电子科技大学硕士学位论文,万方数据杭州电子科技大学硕士学位论文目录摘要目录图目录第章绪论研究背景生物通路生物通路数据库国内外研究现状生物通路可视化生物通路可视化工具系统开发必要性本文工作与论文组织第二章系统设计生物数据分析需求分析系统整体设计气泡隐喻界面设计思想库设计生物通路功能模块设计本章小结第三章系统实现相关技术介绍界面设计实现虚拟桌面实现之间交互算法实现功能模块可视化实现生物通路图可视化气泡可视化气泡以及交互式表格气泡万方数据杭州电子科技大学硕士学位论文专家评估可视化有效性系统交互设计有效性用户体验总结系统可扩展性建议本章小结第四章在线排列和编辑生物通路图设计思想文档设计生物通路图排列标准排列生物通路图些指导准则。
10、进步说，如果条生物通路出现问题，那么会导致相关疾病，例如，细胞癌，肿瘤。在生物体中，有许多种生物通路，按照反应不同类型可以分为新陈代谢通路，基因调节通路，信号传递通路和蛋白质相互作用通路。万方数据杭州电子科技大学硕士学位论文新陈代谢通路主要功能是参与代谢化学反应。基因调节通路主要功能是打开和关闭基因表达。它能控制蛋白质和基因之间相互作用。信号传递通路主要功能是参与信号传递级联放大反应。蛋白质相互作用通路主要功能是蛋白质间或蛋白质基因间化学反应。当前对生物通路研究主要是研究生物分子在生物体中功能行为表现基因表达情况以及各自发生作用。生物研究者主要通过探究基因和蛋白质在实验中表现情况为基础，来推断各种生物分子基因，蛋白质，生物小分子等之间关系，揭示各种实。
11、，产生了大量生物数据。和其他学科样，生物学研究也进入了个采集数据能力远远超过了将这些得到数据转化为知识时代。特别是高通量测序技术产生，它可以提供大量关于多个物种基因表达模式信息。如何整合现有数据如何可视化这些数据如何展示可视化结果如何提高交互操作有效性，从而帮助生物学家挖掘潜在信息和探索数据间关系，正变得越来越重要。在很多情况下，生物实验目主要是比较两个或者多个不同生物状态，如疾病和控制，从而来帮助生物学家理解基因表达变化原理。在很多实例研究中，对基因，基因组，转录组和蛋白质数据分析，必须在信号传导和新陈代谢生物通路中进行，以提供可供测试科学假设。人类可以迅速地解释视觉信息，那些可以帮助生物学家用综合和层次方式来解释这些数据可视化方式将极具价值。然而。
12、以明确方式标明。申请学位论文与资料若有不实之处，本人承担切相关责任。论文作者签名日期年月日学位论文使用授权说明本人完全了解杭州电子科技大学关于保留和使用学位论文规定，即研究生在校攻读学位期间论文工作知识产权单位属杭州电子科技大学。本人保证毕业离校后，发表论文或使用论文工作成果时署名单位仍然为杭州电子科技大学。学校有权保留送交论文复印件，允许查阅和借阅论文学校可以公布论文全部或部分内容，可以允许采用影印缩印或其它复制手段保存论文。保密论文在解密后遵守此规定论文作者签名日期年月日指导教师签名日期年月日万方数据杭州电子科技大学硕士学位论文摘要随着生物技术研究进展，产生了大量生物通路数据和相关实验数据。如何整合已有生物信息数据来探索未知生物通路信息，并且挖掘。
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